【Q&A】瞬息萬變不過RNA——轉錄組測序常見問題集錦

來源: 發表日期:2018-08-03 瀏覽量:716

  什么是轉錄組測序

  轉錄組測序(即RNA-seq)是RNA研究很重要的手段,研究對象為特定樣本在某一功能狀態下所能轉錄出來的RNA情況。


  轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點,通過新一代高通量測序,能夠全面快速地獲得某一物種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

  轉錄組測序無需預先設計探針,即可對任意物種的任意細胞類型的轉錄組進行檢測,能夠提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。


  常見問題集錦

  近日,小編收到了很多大家在進行轉錄組測序時遇到的問題,在此給大家解答一下↓↓↓↓↓

  Q 轉錄組測序和lncRNA測序的區別?

  A 轉錄組測序是只檢測mRNA,lncRNA測序是既檢測mRNA又檢測lncRNA。

  Q 實驗組和對照組的取樣原則?

  A 推薦根據表型或檢測數值顯著變化的組別作為實驗組和對照組。


實驗組對照組的選取

  Q 轉錄組測序能否檢測到指定的pathway?

  A 檢測到哪些通路取決于樣本及其不同分組的差異,獲得的結果是基因顯著富集得到的pathway。

  Q 實驗組和對照組樣本做轉錄組測序的生物學重復?

  A 為保證生物信息分析的統計學意義,要求每組至少3個重復;為避免個體差異影響結果,推薦每組大于5個重復。

  Q 全轉錄組測序的方案?

  A 全轉錄組測序檢測的是small RNA,circRNA,lncRNA及mRNA,目的是分析其在細胞中的互作網絡關系,檢測方案是建兩個庫(一個是small RNA數據量10M,一個是lncRNA+circRNA+mRNA數據量12G),其所需樣本量大于轉錄組測序。


互作網絡分析圖

  Q 轉錄組測序得到的結果驗證方法有哪些?

  A qRT-PCR、Western blot、northern blot、原位雜交、免疫熒光、熒光素酶報告系統、RIP、過表達、基因敲除/沉默和轉基因等。

  以上問題是小編總結的一些比較常見的問題,如果您有其他疑惑,歡迎隨時聯系我們??灯丈镏δ目蒲蟹桨疙樌麑嵤?/span>


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